409 件の論文
進化生物学は、生命がどのように時間とともに変化し、多様な姿を形成してきたかを解き明かす分野です。遺伝子の働きから種間の関係まで、過去の証拠と現在の観察を結びつけることで、私たちの存在のルーツに迫ります。
Gist.Science は、bioRxiv から投稿される進化生物学の新しいプレプリントをすべて収集し、専門用語を噛み砕いた解説と、技術的な詳細をまとめた要約の両方をご用意しています。これにより、専門家だけでなく広く一般の方々が、最先端の研究成果をスムーズに理解できます。
以下に、進化生物学の最新プレプリントの一覧をご紹介します。
本論文は、大陸・島嶼モデルにおいて多遺伝子的な分化選択がゲノムの分化パターンや生殖隔離をどのように形成するかを予測するために、有効移動率に基づいた新たな分析枠組みを開発・検証し、遺伝子流動の障壁となる遺伝構造を推論するための改良された手法を提示するものである。
本論文は、系統樹を活用することで、SARS-CoV-2、インフルエンザ、デング熱を含む複数の病原体にわたり将来のウイルス変異を正確に予測し、それによってパンデミックへの備えと治療法の開発を強化する機械学習モデルであるantiGenを紹介するものである。
本研究は、非レベル1系統ネットワークにおけるSNaQの性能を評価し、それが重複する網状進化の正確なトポロジーを復元することはできないものの、円環的なタクソン順序や互換性のあるツリー・オブ・ブロブ構造を確実に推論できることを明らかにしており、複雑で重複する進化史よりも強力な網状進化シグナルを優先する保守的な正則化器として効果的に機能していることを示している。
本研究は、新しいPythonライブラリ「treeshapy」を用いて4,500万本以上の実証的な系統樹に対する54種類の系統樹形状指標の大規模な評価を提示し、将来のより慎重かつ効果的な系統樹形状解析を導くための、根への感受性、サイズ依存性、および指標の冗長性といった重大な落とし穴を明らかにしている。
本研究は、変分オートエンコーダーがエピスタシス相互作用をモデル化する潜在性を有しているにもかかわらず、デコーディング過程における固有の情報損失によって祖先配列を正確に再構成することが妨げられており、標準的な尤度法や節約法に一貫して劣ることを示している。
著者らは、遺伝学的、分布域、および古地理学的データを統合して、化石を用いることなく分岐年代、祖先領域、および多様化速度を同時に推定するベイズ統計学的系統解析フレームワークであるTimeFIGを導入し、島の隔離と年齢がハワイイ科の*Kadua*の放射進化のダイナミクスを駆動していることを明らかにした。
本研究は、Sicyoidochytrium minutum DNAウイルスおよび関連する配列の発見に基づき、独自の複製・転写機構を喪失したことによる宿主核依存的な複製および転写への特異な進化過程を示すことから、Megaviricetes綱内における新たな目であるAriadnaviralesの設立を提案するものである。
本研究は、核エンコード型プラスチドDNA（NUPT）がイネ科植物間における水平遺伝子転移の特定のドナー種を効果的に特定できることを示しており、エレモチョア・アテヌアータ（*Eremochloa attenuata*）が、既知のLGTと新たに特定されたNUPTの両方を含むDNA断片を、アロトロプシス・セミアラタ（*Alloteropsis semialata*）へと共転移させたことを明らかにしている。
本論文は、家族に基づいた評判の進化が、血縁淘汰と間接互酬性の間に正のフィードバックループを生み出し、それによって、特に相互作用が稀である場合や個人の行動の観察が困難な場合においても、協力が維持され得る条件を拡大させることを実証している。
本研究は、ルシタニア壁トカゲが、距離依存的な色彩パターンの知覚可能性を通じて同種間コミュニケーションと捕食回避の間のトレードオフを解決していること、そしてこの戦略は雌や小型個体では維持されるものの、大型の雄においては同種内シグナリングを優先するために犠牲にされていることを示している。